顯微鏡是活細胞成像最傳統的方法 

       顯微鏡現在有一個完整的工具來查看和圖像數據記錄，有一個大范圍的時間尺度，會在多分辨率的細胞過程中發生的。較低的事件是很容易觀察到，使用激光掃描共聚焦顯微鏡拍攝，而更快速的動態可通過使用旋轉磁盤技術。

      另外，多光子顯微鏡使成像出深厚的組織，總的內部反射技術能夠探測膜的表面用共聚焦精度。高級熒光的方法，如熒光共振能量轉移，可用于監測蛋白質和蛋白質相互的作用，往往在分辨率大于所允許的情況下，由衍射屏障的熒光顯微鏡，檢測技術變得越來越先進，顯微鏡會放在一個更廣泛應用現象中。